NTTフレッツ回線をお使いの方で、インターネットが混雑する時間帯に通信速度が遅い問題を解決するためになされた策が、IPv6 IPoE + IPv4 over IPv6 ですが、
ネットワーク越しのネットワークカメラ、ファイルサーバーやwebサーバーなどの公開サーバー、一部のネットワークゲーム、リモートアクセスVPN等
を使う環境では、固定IPオプション付きのプロバイダとの契約を行わない限り、IPv6 IPoE + IPv4 over IPv6 とは両立せず、接続問題がかなりの確率で起こります。
（IPv6環境で完結する構成やサービスなど例外はあります）
理由は以下の通りです。
IPv6 IPoE + IPv4 over IPv6 という方式では、固定IPオプション付きのプロバイダとの契約を行わない限り、複数の需要家で１個のIPv4グローバルアドレスを分け合う仕様です。
少なくとも、サーバ公開やリモートアクセスVPN開設、ネットワーク越しのカメラ映像発信（一部を除く）などのサービスを利用する時に一般的に使用するポート（ウエルノウンポートはじめとするポート番号）は、１個のIPv4グローバルアドレスを分け合う仕様のもとでは、ほぼ使えないようになっていますので、原則としてこれらのサービスは使えません。（MAP-E方式のVNEを使っているプロバイダをお使いの場合、一部制約のもとポート番号を変更して使用できる場合がありますが、DS-Lite方式のVNEを使っているプロバイダの下ではそれもできません）
なら、どうしたらいいの？
IPv6プロバイダの固定IP契約をすると解決します。ただOCN など有名どころのプロバイダの固定IP契約は金額が張ります。固定IP契約は法人のみが対象でしかも料金は高額、そういうプロバイダもあります。一方プロバイダの中には、固定IPを安く提供しているIPv6プロバイダもあります。（例えば インターリンク社 ZOOT NATIVEなど）
現在、フレッツ光を用いる回線は、純正のNTTフレッツ光のほかに、光コラボというものがあります。光コラボは、NTT東日本やNTT西日本が、プロバイダや携帯キャリアなどの事業者に対して光回線の卸販売の卸販売を行うサービスモデルのことです。NTT東日本やNTT西日本が自社販売もしくは代理店が販売している従来サービスをここでは「純正フレッツ光」と呼びます。
現在、純正フレッツ光に加入の場合は、今加入のプロバイダを解約して、新しく固定IPを安く提供しているIPv6プロバイダに移ることです。
現在、光コラボに加入の場合は、プラン解約イコール回線契約になる可能性がありますので、契約しているプロバイダ（あるいは携帯キャリア）と相談してください。更新月以外に解約すると違約金が発生する恐れもあります。メールアドレス持ち出しも考えなければなりません。プロバイダと相談の上で、(1)光コラボ回線を解約して純正フレッツ光に転用する (2)今の光コラボ回線の契約は維持し、IPoE回線をPPPoE回線に戻したうえで、新しくIPv6 IPoEの固定IPプロバイダに加入してそちらを使う（これができるかどうかプロバイダに相談ください）のいずれかを検討ください。（後者はフレッツ光クロスには適用できないと思う）
VNE
VNE（Virtual Network Enabler）とは、IPv6ネットワークをインターネットプロバイダに貸し出す事業者のことです。
MAP-E方式
OCNバーチャルコネクト(V6アルファ)、v6プラス、IPv6オプション、ISPプレミアム(IPoE)
so-net、GMOとくとくBB、@nifty、DMM光、ドコモ光、OCN、BIGLOBE、DTIなど
DS-Lite方式
transix、クロスパス、v6コネクト
IIJmio、INTERLINK、enひかり（縁人）、ASAHIネット
４ｒｄ／ＳＡＭ方式
IPv6 IPoE + IPv4 ハイブリッドサービス
ソフトバンク光